Il museo del mare si trova all'interno del settecentesco fortino Carlo Emanuele III, ed è composto da sei sale. La Sala della Tonnara contiene reperti e attrezzi concernenti la pesca del tonno, un modello della tonnara e un plastico in scala dello stabilimento ottocentesco.

Nella Sala dei Galanzieri sono esposti una serie di documenti storici sui battellieri, o galanzieri, e l’attrezzatura che serviva per la raccolta e il trasporto dei minerali con barche a vela latina. Proseguendo, la Sala dei Documenti contiene gli scritti relativi all'infeudazione dell'isola di S.Pietro.

Di grande interesse il materiale della Sala Malacologica che comprende un'interessante e ampia raccolta di conchiglie. Il percorso giunge al termine con la Sala delle Attività Contadine che mostra manufatti tipici della vita dei campi e la Sala Emanuelli che espone la collezione d’arte del pittore Mario Emanuelli.